ประวัติมหาวิทยาลัยฟาฎอนี​

แนวคิดในการสร้างสถาบันการศึกษาอิสลามระดับอุดมศึกษาในประเทศไทยเกิดขึ้นจากกลุ่มนักศึกษาที่กำลังศึกษาต่อระดับปริญญาโท-เอก อยู่ในประเทศซาอุดิอารเบีย อาทิ นายอิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา นายอิสมาแอ อาลี นายอับดุลฮาลีม ไซซิง นายญิฮาด บูงอตาหยง นายอาหมัดอูมาร์ จะปะเกีย โดยเห็นว่าสังคมมุสลิมในประเทศไทยมีความจำเป็นต้องมีสถาบันอุดมศึกษาอิสลามเพื่อทำหน้าที่ในการผลิตบัณฑิตให้มีความรู้คู่คุณธรรม อันจะเป็นรากฐานสำคัญในการพัฒนาประเทศสู่ความเจริญก้าวหน้าและมีความสงบสันติดั่งเจตนารมณ์ของอิสลามต่อไป

หลังจากรวบรวมเงินได้ประมาณหนึ่งล้านบาท ในปี พ.ศ. 2526 จึงได้ทำการส่งเงินดังกล่าวกลับมายังประเทศไทย และได้ก่อตั้งคณะกรรมการขึ้นมาชุดหนึ่ง ให้ชื่อว่า “คณะกรรมการการต่อตั้งโครงการวิทยาลัยอิสลามเอกชนภาคใต้” หลังจากได้พิจารณาความเหมาะสมของสถานที่ตั้งโครงการฯ แล้วคณะกรรมการชุดดังกล่าวได้ตัดสินใจซื้อที่ดิน จำนวน 70 ไร่ 32 ตารางวา ณ บ้านโสร่ง หมู่ที่ 3 ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี เพื่อเป็นสถานที่ก่อตั้งวิทยาลัย

ปี พ.ศ. 2532
การดำเนินการก่อสร้างสถาบันอิสลามศึกษาขั้นสูงแล้วเสร็จ อันประกอบด้วย อาคารเรียนและที่ทำการฝ่ายบริหาร มัสยิด ห้องสมุด หอพักอาจารย์ หอพักนักศึกษา และระบบสาธารณูปโภคต่างๆ แต่การดำเนินงานโครงการฯ ตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2532-2539 ประสบกับความล่าช้าเนื่องจากขาดบุคลากรและงบประมาณ
ในเดือนเมษายน 2541
ฯพณฯ นาวาโทนายแพทย์เดชา สุขารมณ์ รัฐมนตรีว่าการทบวงมหาวิทยาลัย โดยคำแนะนำของคณะกรรมการสถาบันอุดมศึกษาเอกชน อนุญาตให้มูลนิธิเพื่อการอุดมศึกษาอิสลามภาคใต้จัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาประเภทวิทยาลัย ชื่อว่า “วิทยาลัยอิสลามยะลา” ตามใบอนุญาตเลขที่ 4/2541 และในเดือนกรกฎาคม ปีเดียวกัน ทบวงมหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งที่ 114/2541 แต่งตั้งกรรมการสภาวิทยาลัยอิสลามยะลาชุดแรก และวิทยาลัยอิสลามยะลาได้จัดการประชุมกรรมการสภาวิทยาลัย เป็นครั้งแรกในวันที่ 27 เดือนเดียวกัน โดยที่ประชุมมีมติเห็นชอบแต่งตั้ง ฯพณฯ วันมูหะมัดนอร์ มะทา ดำรงตำแหน่งนายกสภาวิทยาลัย นายอารีย์ วงศ์อารยะ ดำรงตำแหน่งอุปนายก ดร.อิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา ดำรงตำแหน่งอธิการ ดร.อัฮมัดอูมัร จะปะเกีย ดำรงตำแหน่งรองอธิการฝ่ายวิชาการและกิจการนักศึกษา และนายมัสลัน มาหะมะ ดำรงตำแหน่งเลขานุการสภาวิทยาลัย
เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2541
ทบวงมหาวิทยาลัยได้มอบหมายให้ผู้แทนคณะกรรมการพิจารณาการขอเปิดดำเนินการหลักสูตรและการรับรองมาตรฐานการศึกษาของสถาบันอุดมศึกษาเอกชน สาขาวิชานิติศาสตร์ และสาขาวิชาปรัชญา ศาสนาและประวัติศาสตร์ เดินทางมายังวิทยาลัยเพื่อพิจารณาศักยภาพความพร้อมและความเหมาะสมในการเปิดดำเนินการสาขาวิชาชะรีอะฮ์และสาขาวิชาอุศูลุดดีน ซึ่งทบวงมหาวิทยาลัยได้ให้ความเห็นชอบแก่วิทยาลัยอิสลามยะลาเปิดดำเนินการทั้งสองหลักสูตรได้ในปีเดียวกัน และมีการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในเดือนพฤศจิกายน ในทั้งสองสาขาวิชาๆ ละ 100 คน และทางวิทยาลัยได้จัดงานวันสถาปนาวิทยาลัยขึ้น เพื่อประกาศการก่อตั้งสถาบันอุดมศึกษาเอกชนแห่งแรกในประเทศไทยอย่างเป็นทางการ
ปี พ.ศ. 2543
ด้วยการประสานงานของชีคอับดุลลอฮฺ บินหมัด อัลญาลาลีย์ กษัตริย์หัมดฺ บิน คอลีฟะฮฺ อาลษานีย์ ได้ทรงมีพระราชสาสน์ถึงประธานมูลนิธิเพื่อการอุดมศึกษาอิสลามภาคใต้ แจ้งว่าทรงมีพระราชประสงค์จะบริจาคพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ เป็นเงิน 43,000,000 บาท (สี่สิบสามล้านบาท) เพื่อเป็นงบก่อสร้างอาคารสำนักงานอธิการ และอาคารเรียนรวม และรวมถึงระบบสาธารณูปโภคที่จำเป็นต่าง